第一步：確定分離物。首先在進行離心分離實驗前，你要分清你需要離心分離的物質是保留上清液還是沉淀物，這樣才會更明確的進行實驗。

第二步：合理選取轉子及離心管。對于離心轉子和相應離心管的選擇，最好在查閱相關文獻后先用相近的轉子參數進行設置或選取。而在普通的懸浮液分離時最好用尖底的離心管，這樣可以更好的使沉淀物質更好的貼壁，沉淀物堆積也較好。

第三步：分離環境準備。這一步對于需要低溫離心的東西非常重要，首先要注意先設定離心溫度（針對冷凍離心機而言），使離心腔預冷，達到實驗要求的工作溫度，為分離實驗做準備。

第四步：離心參數設置。這一步才要選擇合適的轉速或是離心力。一定要選擇對的條件，過低的條件達不到效果，過高的條件會使物質有所損失。所以要進行好的參考，并且結合相關經驗。注意離心物質的配平。

第五步：安全事項。蓋好離心機蓋子，這一步一定要保證好好蓋嚴實，因為如果蓋的不好是容易發生危險的。

第六步：注意細節。要注意最后的上清的保留或是沉淀的保存，切記取上清或是棄上清一定要快，這樣才能不會隨時間造成部分的混懸，造成好的實驗結果。